在IPO開閘預期不明朗的背景下，新三板正成為私募機構退出最主要的渠道，占據了退出案例的半壁江山。隨著更多擬上市公司轉而申請掛牌，新三板也將獲得更多優質的企業資源。
一份報告顯示，由于IPO暫停，PE/VC機構在新三板退出案例猛增，前三季度共有423筆退出，占退出案例總數量的一半，超過了IPO成為目前私募機構退出的最主要的方式。
盡管新三板估值低于A股市場，但仍能給投資機構帶來比較豐厚的回報。上月掛牌的樂華文化從兩家投資機構融資1億元，掛牌后市值高達33億元。7月掛牌的賽斯特憑借6000萬元機構投資實現了42億元市值。由于新三板掛牌流程時間跨度穩定在半年左右，也縮短了機構退出的周期。
今年6月以來A股市場發生劇烈波動，上證指數從5100多點高位跌至2800多點，這令監管者在7月初及時暫緩發行工作。在IPO重啟預期不明朗之際，多位券商人士對《第一財經日報》稱，已經有擬上市公司在申請掛牌新三板。
10月28日，南京證券在借道上市受挫后正式掛牌，成為新三板上第五家證券公司，同時增資擴股實現配套融資近36億元。據披露，南京銀行前5月凈利潤逾8億元，超過去年全年。越來越多的優質企業登陸給新三板上的投資機構提供了標的。
不過，新三板正深陷流動性困境，上半年涌入的短期資金也面臨退出的風險。目前，新三板上的“主題基金”、“定增基金”大多只有3年的存續期，在市場年初行情火熱時進入，希望以“短平快”的運作模式搶占制度紅利。
由于分層和競價交易等制度創新未能按市場預期落地，新三板市場交易量有所回落，目前日均成交額在4億元左右徘徊。如果市場持續冷清，將令投資機構面臨退出的尷尬，加深他們的疑慮。清科數據顯示，盡管第三季度PE/VC新支持的掛牌企業接近前兩季度之和，但總體對掛牌公司滲透率仍不足30%。
對此，洪泰新三板基金創始合伙人、CEO馮志對《第一財經日報》稱：“投資機構應該丟掉短期交易轉暖的幻想，回到價值投資的路上，把管理資金的期限拉長到至少五年。我們希望尋找未來可以IPO的優質創新企業，現階段先積極利用新三板的環境把企業發展壯大。”
馮志還認為，分層和公募基金參與是新三板市場下一步能夠期待的政策紅利，“但要加大力氣提升信息披露質量，鼓勵市場的投研力量的發展。對于一個市場化制度安排來看，不動比亂動要好。”