五四作為政治抗議運動，其發生和發展也有許多未解之謎團。如許大的一場運動，根據當事人(“三國賊”之首)的曹汝霖晚年的回憶，起因無非是總統徐世昌和皖系軍閥頭子段祺瑞之間的矛盾，以及林長民和他之間的一點私人恩怨。當然，研究者除非神經錯亂，沒有人會認同曹汝霖的看法。不過，如果仔細想想，這種看法也未必一點道理也沒有，因為畢竟他是從當時的政壇風云漩渦中滾過來的。我們不能否認五四運動和北洋政府內部矛盾之間的關系，卻長期忽視它。五四運動跟國民黨的關系，經臺灣學者呂芳上的梳理，已經基本清楚了，但跟運動關系更直接、更重要的北洋軍閥和政府跟五四運動的關系，卻長期處于研究的盲點。北洋政府內部跟日本走得近一點的人與親英美派的人之間，比如當家的皖系和直系之間，他們的矛盾跟運動的發生發展，乃至最后結束之間，存在太多關聯。比如，巴黎和會上所謂的中國的外交失敗，在形式上跟當年中日在山東問題上的換約，中國有“欣然同意”的外交辭令有關，而這個消息恰是被時任外交委員會負責人的林長民透露到國內報界的。據說，徐世昌因此還把林叫去訓了一頓，說他放了一把野火。
然而，如果沒有這把野火，趙家樓那把火怎么燒得起來？而林長民恰是一群親英美的職業政客中的一個，他們中很多人都是職業外交官，有留學英美的經歷，比如顏惠慶、顧維鈞、羅文干、施肇基等人。他們跟曹、章、陸等日本留學出身的人一直就存在著很大的政見分歧。其次，以梁士詒、葉恭綽為首的舊交通系，對于曹汝霖等人挾日本奧援侵入他們的地盤(時稱曹為新交通系)，嘖有煩言，因而對日本的西原借款問題已經積怨甚深，而西原借款，實為直皖沖突乃至五四運動的一個遠因。
掌控中國政局的北洋軍閥派系之間的矛盾，對五四運動的發生發展關系更大。在五四時期，徐世昌和段祺瑞兩人顯然是有矛盾的，但這個矛盾背后實際上折射的卻是北洋系統內直皖之間的問題。因為從北洋圈子里滾出來的徐世昌深知槍桿子的重要性。他的這個總統是段祺瑞捧出來的。他和段之間，說是牽線木偶和牽線人的關系也許有點過分，但是說，沒有了段，就沒有徐這個總統，肯定是對的。徐世昌對段祺瑞有點想法，更多的可能是著眼于直皖之間的平衡以及對段祺瑞武力統一政策操之過急的憂慮。
說到北洋直皖之間的矛盾，在五四運動的當口，可以說已經發展到了撕破臉皮，就差動手開仗的地步。前直系領袖馮國璋退出歷史舞臺，新直系的領袖曹錕被段祺瑞忽悠了一下，成了段祺瑞武力統一的前鋒，麾下戰將吳佩孚一馬當先，打敗桂系的主力，連帶擊垮了湖南軍隊，拿下長沙，劍指兩廣。然而，在后方，段祺瑞派心腹徐樹錚編練自家武裝參戰軍(后改為西北邊防軍)，從日本借來的銀子、買來的槍械都投到了那里，甚至連直系辛辛苦苦打下的湖南，也便宜了段祺瑞的親信張敬堯，讓他做了現成的督軍，吳佩孚自己只落了個孚威將軍的空名。段祺瑞讓直系為自家火中取栗的耍猴把戲，干得過于拙劣，別說精明的吳佩孚，連憨憨的外號叫傻子的曹錕，都洞若觀火。吳佩孚打到衡陽，一面按兵不動，跟南方勾勾搭搭，信使往來；一面以最愛國、最激進的面目，頻繁通電，對北京政府種種舉措，說三道四，肆意抨擊，甚至對政府要員指名道姓，直斥其非。打狗，沖的是主人。經戰爭實力壯大起來的新直系，此時隱隱然已有問鼎中原，奪了鳥位之勢。巴黎和會上中國在山東問題上的失敗，恰好給了直系一個攻擊段祺瑞把持的北洋政府的機會，而五四學生的抗議運動則使這個機會極大地擴大。因此在這期間，用陶菊隱先生的話來說，吳佩孚今天一個仿討武曌檄，明天一個效驅鱷魚文，口號喊得比游行的學生還激烈火辣。不僅對輿論而且對政局，就是有影響。
要知道，當時吳佩孚是公認的常勝將軍，能打仗，而且能打勝仗。直系雖然還有其他大佬在，比如所謂“長江三督”：鄂督王占元、蘇督李純和贛督陳光遠，但是只有吳佩孚才稱得上是直系的當家花旦，別人頂多跑跑龍套。雖然說，吳佩孚的發言不見得都是直系將領的意愿，但是他們肯定都樂意通過吳大聲發言，向皖系政府表達不滿。在袁世凱時代就進入北洋團體、作為袁世凱老友的徐世昌，當然不樂見北洋團體的分裂。對他而言，盡管自家是皖系捧上臺的，但只有維持北洋軍閥各個派系，尤其是直皖兩系的平衡，他的位置才能坐得更穩。如果僅僅在皖系的指揮刀下做總統，徐世昌豈不成了漢獻帝？恰是在這個意義上，他才敢于在五四期間跟段祺瑞有了點“不同意見”，更傾向于考慮吳佩孚的聲音，犧牲曹、章、陸。而在曹汝霖看來，顯然在這個危難時刻，段祺瑞要比徐世昌更夠意思。
段祺瑞的麻煩顯然更大。這個才具不如袁世凱，但是雄心卻比他的主公更大的北洋第一號繼承人，當時最想做的事就是武力統一。為此目的，他才靠近日本，從日本得到大筆的貸款，大批的日式武器連同教練也隨之進入他的嫡系部隊。也正因為如此，他控制的政府才會對日本趁第一次世界大戰之際強奪德國控制的膠州灣和德國在山東的勢力范圍的行為裝聾作啞。別人也許只當他是皖系的首領，但是他卻認為自己理所當然地是整個北洋系的老大。由于他做遍了北洋系軍校的監督，所以凡是北洋出身的人名義上都是他的學生，包括直系曹錕、吳佩孚也不例外。因此，吳佩孚電報仗打得雖然兇，但始終都給段祺瑞留著面子。段祺瑞自己也很看重這點面子，眼看著吳佩孚差一步就踏入廣東，他也知道這個秀才出身的將軍能打，只要面皮沒有最后撕破，他都會指望吳佩孚替他完成統一大業。因此，于情于理，盡管吳小鬼(北洋系中對吳佩孚的蔑稱)咄咄逼人，還真就得讓著他三分。這也是為什么段祺瑞對曹汝霖安慰話說了一籮筐，卻只能眼睜睜地看著這個為他籌錢出了大力的人，背著國賊的名頭，離開了政壇。
從某種意義上說，五四運動是直皖之間勢力消長的轉折。通過五四，皖系和它的安福政府將賣國的污名牢牢地背在了自己的身上；而直系，尤其是吳佩孚，則獲得了愛國的美名，從此得到了行動的正當性。五四運動次年，雙方一場大戰，盡管皖系在武器裝備、軍隊數量和后勤供應上都占有優勢，但卻很快一敗涂地。這里除了直系訓練和戰略戰術方面的優長之外，雙方士氣高下和人心向背方面的差距不能說不是一個重要因素。當時親身參加巴黎和會的顧維鈞看出了其中的玄機，他后來回憶說：“和會對國內政治情勢影響至巨。和會期間雙方停止了公開的戰爭。然而不久，便爆發了直皖之戰。”(《顧維鈞回憶錄》第二卷)
按說，當時的中國有具有革命資本的國民黨勢力，也有具有討袁傳統的云南唐繼堯和廣西陸榮廷的勢力，但是在五四這個關鍵時刻，他們卻讓北洋軍直系的一個師長專美于前。吳佩孚通過在五四時期的發聲，成為話語權的主導者。在新聞自由的公共媒體已經成為一種社會勢力的時代，這種話語權顯然具有出人意料的力量，而吳佩孚恰是借助這個力量，一躍成為中國最耀眼的英雄，而不僅僅是打過一些勝仗的將軍。中國的軍閥何其多，但是只有吳佩孚具有世界的聲名，他是第一個上時代雜志封面的中國人。（騰訊網）