臺媒稱，臺菲關系緊張，網絡黑客戰先一步上場，“立委”也要求臺軍強化網絡攻擊能力。對此，臺行政主管部門政務委員張善政指出，臺灣可能有這樣的能量，但全世界都是可做不可說。臺軍通信參謀次長室次長胡延年表示，臺軍網絡中隊將在7月1日正式編組，但在非戰爭狀態下，不會發動攻擊。
據臺灣《工商時報》5月16日報道，臺“立委”主動要求臺當局應成立網軍，以求在必要時主動發動攻擊。對此，張善政出席國民黨“立院黨團”記者會時指出，網軍在全世界都是可做不可說，臺灣過去可能也有培養網軍的能量，但是備而不用，未來則可協助臺當局行政部門做防備工作。張善政表示，根據臺當局統計，在臺菲網絡戰開打后，已經接獲10筆臺當局網站遭黑的通報，頻率確實比往常高。他說，臺當局網站近來主要受到來自菲律賓的攻擊，一開始攻擊來自菲律賓，但后來則通過菲律賓鄰國進行跳板攻擊，但都被臺方擋下，目前臺當局也已經從源頭做流量管制，為了避免遭到攻擊，臺當局已經逐漸全面封鎖菲律賓IP流量。不過民間還是有40個網站被置換頁面。此外，臺北市、新北市、桃園縣和臺南市地方政府網站也遭受攻擊，其他縣市的情況就更辛苦，形成防黑客的漏洞。
張善政說，馬英九高度重視臺當局資訊安全工作，臺當局各部會都動用預備金強化相關功能，未來也會編列充足預算。至于在這波網絡攻擊中受損較慘重的臺地方政府，未來也需要補強。張善政表示，過去大家很少聽到菲律賓有網軍，但其實菲律賓民間業者的技術能量應該還不錯，只是過去并未必與政府有關聯性，官方涉入的機會可能并不高。目前臺當局已經通過民間網絡組織向菲律賓要求管制網絡攻擊，否則不排除全面封鎖菲律賓IP。臺軍通信參謀次長室次長胡延年則表示，臺軍的網絡中隊，一直都在積極準備，但在不是戰爭或是準戰爭行為下，網絡中隊不能變成發動攻擊的黑帽戰士。
《臺灣蘋果日報》5月16日報道稱，臺菲漁業沖突無意間開辟了另一個隱形戰場：網絡戰爭。臺灣及菲律賓的黑客、網軍互相黑入對方的高級行政機關，包括軍方，擾亂對方的資訊，并竊取情報。雖然看不見硝煙，也沒有槍林彈雨，可是其兇險不下于電磁彈，足以在真實開戰時癱瘓對方的指管通情體系。這是不對稱作戰的具體實現，也是臺灣淡江大學國際事務與戰略研究所研究員林中斌教授所說的“點穴戰”。
報道稱，菲律賓態度強硬，菲律賓官網持續成為兩岸黑客聯手攻擊目標，這波網絡黑客制裁力道逐漸加強，相較于菲律賓黑客能力，臺灣黑客明顯占上風，網友流傳菲一名黑客，15日凌晨3時發出求饒信指出：“希望兩國的黑客能停火，讓政府來解決此事！”臺灣網軍則回應：“不公開在國際道歉，絕不會罷手！”
臺灣資訊安全防護廠商中華龍網公司透露，臺灣高手級的黑客，這兩天異常的低調，“研判他們恐在趕寫木馬程序，一旦出招，恐讓菲律賓災情慘重。”臺灣黑客群起應戰，日前一度造成菲律賓2/3的官網癱瘓，菲政府緊急派員修復，但昨仍有1/3處于半癱瘓狀態，逼得菲律賓官方找云端業者，將主機放上去避免再受攻擊。
不久之前，臺灣安全主管部門才在立法機構報告平均每年網站遭黑客攻擊的情況，但這些報告內容對民眾而言，都不及這次臺菲網戰那么有參與感，因為每個人都可以加入這場戰爭。現在戰爭的形式因科技日新月異，而呈現不同狀態，但網絡絕對是21世紀不能忽略的重要武器。臺灣不一定就是攻擊的一方，但是備而不用，蓄積能量，也是實力的一部分。臺灣網軍可借這次菲律賓的蠻橫，演練入侵他國網路的能力，準備好將來在真實的不對稱戰爭中，網路攻擊與防衛的技術與知識。