廖磊到任后，基本沿襲了李宗仁的政策。國(guó)民黨主力撤出徐州后，當(dāng)時(shí)的安徽臨時(shí)省會(huì)六安也面臨被迫遷移。CC系分子極力主張將省會(huì)遷向皖南第三戰(zhàn)區(qū)司令顧祝同的轄區(qū)，以擺脫新桂系對(duì)皖的控制。新桂系當(dāng)然反對(duì)，最后將省會(huì)遷到地處大別山區(qū)、同重慶的聯(lián)系不便的立煌(今金寨)。廖磊并規(guī)定，“用人必須由省府委派，各廳不能擅自任用”，將人事大權(quán)完全掌握在自己手中。他多次向軍隊(duì)和民眾發(fā)表演講，闡述放棄武漢的意義是為了“貫徹持久戰(zhàn)以消耗敵人”。廖磊指出他要做9件事:“一、征辟地方紳耆，延攬人才，共濟(jì)時(shí)艱；二、妥籌難民生計(jì)，成立難民救濟(jì)會(huì)，設(shè)立難民工廠；三、蠲免淪陷區(qū)域田賦；四、推行農(nóng)村合作貸款，改正農(nóng)村經(jīng)濟(jì)，活動(dòng)金融流通；五、保障法幣流通；六、撲滅漢奸及偽組織；七、重行整編民眾武力，寇來(lái)大家出擊，無(wú)事各自歸農(nóng)；八、鏟除貪污；九、肅清盜匪。”同時(shí)也向民眾提出3點(diǎn)希望:“一、堅(jiān)定必勝信心；二、協(xié)助軍隊(duì)作戰(zhàn)；三、幫助政府除奸。”廖磊把民眾動(dòng)員、組織工作列為首要任務(wù)，親自確定了完備的工作計(jì)劃和方針，進(jìn)一步健全動(dòng)委會(huì)各級(jí)機(jī)構(gòu)，如在省動(dòng)委會(huì)增設(shè)了文化事業(yè)委員會(huì)、婦女工作委員會(huì)，以開(kāi)展敵后文化、婦女工作。廖磊還著手將各地方武裝統(tǒng)一改編為“抗日人民自衛(wèi)軍”，分為六路，人數(shù)達(dá)十萬(wàn)之眾，命他們?cè)诨春觾砂兜貐^(qū)向敵開(kāi)展游擊。經(jīng)廖磊的一番經(jīng)營(yíng)，安徽“竟形成令人羨慕的小康之局”，“比大后方還要安定繁榮”。
1939年秋，廖磊因高血壓逝于立煌。由于廖磊主持皖政不過(guò)一年，很多工作僅處于起步階段，李宗仁、白崇禧隨后推薦“新桂系”的李品仙繼任安徽省府主席，得到國(guó)民政府的認(rèn)可。李品仙上任后強(qiáng)調(diào)，“要鞏固大別山敵后作戰(zhàn)之根據(jù)地，勢(shì)須先將安徽省加以整頓和建設(shè)，把政治、經(jīng)濟(jì)、文化統(tǒng)統(tǒng)動(dòng)員起來(lái)，支援軍事需要，使其成為敵后堅(jiān)強(qiáng)的堡壘”。為了表示公正無(wú)私，他將桂系立煌、霍山、六安三縣縣長(zhǎng)以貪污、走私罪拘拿執(zhí)辦，不料卻引起其他桂系的憤慨，聯(lián)合告到了李宗仁那里，風(fēng)波好久不能平息。“新桂系”控制安徽時(shí)期，曾設(shè)立了“安徽省貨檢處”和“立煌企業(yè)公司”，使之成為他們部隊(duì)經(jīng)濟(jì)的兩大支柱。1941年春，湯恩伯部進(jìn)駐豫皖邊，與李品仙爭(zhēng)奪財(cái)源。李宗仁當(dāng)即告誡湯恩伯:“別的省可以由你處理，安徽的事你不能管”，但中央軍依然我行我素。由于國(guó)民黨內(nèi)部?jī)A軋，1942年底，桂系自夸為“金城湯池”的立煌，被幾千日軍攻入，一把火讓“公私財(cái)產(chǎn)的損失無(wú)法估計(jì)”。等到援軍趕到，日軍已自行撤退。雖然如此，通過(guò)抗戰(zhàn)，桂系對(duì)安徽軍政大權(quán)的控制終于建立起來(lái)。