隨著科學技術的發展和人類社會的進步，耕作制度逐漸向科學化與系統化方向發展。
我國農業具有悠久的發展歷史，經歷了原始耕作制度、傳統耕作制度和現代耕作制度3個階段。豐富和完善的耕作制度是提高土地糧食綜合生產能力、實現農業資源環境可持續發展、保障國家糧食安全的根本性戰略措施。
耕作制度現狀
近些年，現代耕作制度研究不斷深入，研究成果不斷涌現，為我國發展現代農業和增加農民收入作出了巨大貢獻，主要體現在以下方面。
種植方式在廣度和深度上的突破。復種和間作套種是我國現代農業種植方式區別于國外的基本特點。特別是上世紀80年代以來，我國種植方式集中體現在復種和間套作的突破性進展。例如西南丘陵地區的“麥—玉—豆”新三熟高效種植模式，廣西地區的木薯與西瓜、花生、大豆等作物間作種植模式，華南地區的“菜—稻—菜”多熟高效種植模式，華北地區的“玉米—小麥”輪作種植模式，東北地區的“林糧（經）”間作復合生態種植模式等，對糧食和經濟作物生產的穩定發展起到了重要作用。
作物布局和結構調整的發展。上世紀80年代以來，各地對作物布局和結構進行了適當調整，使資源得到較合理利用并取得顯著效果。例如新疆地區加大了棉花的種植面積，使棉花生產優勢得到進一步開發和利用，占全國棉花總產的比重不斷擴大；東北地區花生面積逐年增加，創造了很好的經濟效益。
土壤耕作制度的優化。近些年，各地提出一些適應不同生態類型區的土壤耕作技術。例如東北平原地區的深松耕作技術、淺旋耕作技術等，有利于蓄水保墑、提高抗旱能力，南方地區的少免耕技術、土壤輪耕技術等，不僅能促進作物增產，而且能防止土壤流失。
輪作制度向高產高效化方向發展。在輪作制度改革上，各地把高產高效作為一項重要內容。例如黑龍江墾區的玉米—大豆輪作，在改善了大豆連作障礙的同時，培肥了土壤地力；雙季稻地區的稻菜輪作，既有利于雙季稻換茬，又能肥田和增加農民收入；稻田的水旱輪作，解決了連續淹水種稻造成的耕層變淺、土壤板結等問題，又達到了節水增產的目的；華南地區的水稻與甘蔗、蔬菜、香蕉的輪作，既改善了土壤的性能，又提高了經濟效益。
發展多種形式的旱作耕作制度。半干旱區在強調保持水土、減少水土流失的同時，注重增加作物單產和提高農民收入的結合。例如東北地區的保護性耕作技術、內蒙古地區的糧草輪作、甘肅和寧夏地區的砂田耕作制度等。
適于機械化的耕作制度的提升。隨著我國農業機械化的發展，形成了一批機械化的耕作制度，例如黑龍江墾區大豆—玉米輪作機械化耕作制度，南方適于稻麥兩熟的機械化耕作制度等。
另外，耕作制度理論研究也有了新的發展，如關于多熟制、土壤輪耕體系、連作、保護性耕作等問題，并在實踐中得到充實和完善。
總之，我國耕作制度自新中國建立以來，逐漸合理利用自然資源，發揮地區優勢，提高復種指數，在耕地日益減少的情況下，使農作物播種面積基本保持了穩定，促進了糧食和經濟作物的全面協調發展，對我國糧食安全和生態安全、實現農業的可持續發展作出了巨大的貢獻。
耕作制度存在的問題
我國耕作制度的主要問題集中體現在以下矛盾中。
首先，復種指數持續下降與國家糧食安全之間的矛盾。
這一矛盾主要是糧食播種面積減少與糧食增產的問題。雖然新中國成立以來，我國復種指數提高了近30個百分點，但進入20世紀90年代以來，南方的“冬閑田”面積持續增加、蔬菜產區的“夏閑田”面積逐漸擴大，據農業部最新統計，南方16省市區的冬季種植面積僅占耕地面積的60%，冬閑田面積有2億多畝；在華南、長江流域和黃淮海地區的蔬菜集中產區的“夏閑田”面積超過5000萬畝。