我國是人口大國，未來10年要增產500億斤糧食。因此，如何協調好復種指數持續下降與國家糧食安全之間的矛盾是耕作制度面臨的首要問題。
其次，機械化發展與耕作制度革新之間的矛盾。
這一矛盾是農機農藝配套難的問題。盡管我國農業機械化取得了一定程度的發展，但總體程度提高緩慢。目前，全國機械化耕地、播種和收獲作業的水平分別為57%、33%、27%，耕種綜合機械化水平為41%，但由于耕作制度對機械化作業的主動適應性不夠，加上一家一戶的小農生產方式無法實現連片機械化操作，因此，如何協調好機械化發展與耕作制度革新之間的矛盾是耕作制度存在的重要問題。
第三，耕地質量下降與地力培育之間的矛盾。
耕地質量下降與地力培育之間的矛盾是用地與養地的問題，長期連作、耕層變淺、有機質下降、肥力不均、水土流失等是我國大部分農區普遍存在的問題，由于缺乏合理的輪作換茬、土壤耕作、合理施肥等技術的集成配套，導致耕地質量下降。因此，如何協調耕地質量下降與地力培育之間的矛盾是耕作制度存在的另一重要問題。
第四，氣候變化與耕作制度適應性之間的矛盾。
氣候變化與耕作制度適應性之間的矛盾是農業氣象災害與耕作制度適應性的問題，中國在過去的50年中，由于氣候變暖造成了全國種植制度界限不同程度北移以及干旱、洪澇、高溫、低溫等農業氣象災害發生頻率增大，熟制的變化和氣象災害的頻繁發生必將帶來不同區域耕作制度的相應變化，因此，如何協調好氣候變化與耕作制度適應性之間的矛盾是耕作制度面臨的又一重要問題。
東北地區的做法
東北三省和內蒙古自治區東四盟是我國重要商品糧生產基地。新中國成立以來，東北地區農業實現了跨越式發展，為我國糧食安全和主要農產品供給作出了重要貢獻，耕作制度革新在其中發揮了十分重要的作用。
種植制度。東北地區作物結構中以糧食作物為主，經濟作物比重低，主要糧食作物是玉米、大豆、稻谷、春小麥、谷子、高粱等。歷史上該地區是高粱、谷子、大豆的傳統產區，新中國成立以來，玉米、水稻面積迅速擴大，而谷子、高粱、春小麥則逐漸縮小；以一年一熟制為主。間作在歷史上較多，主要為玉米大豆間作，20世紀50年代是玉米大豆混作，70年代為玉米大豆間作及西部地區的林糧經條帶間作，套作較少。輪作換茬較為普遍，過去主要有高粱—谷子—大豆或玉米—大豆—高粱輪作，隨著高粱面積的減少，現在的輪作方式主要是玉米—大豆輪作。東北地區隨著種植制度的調整，已經成為我國重要的糧豆生產基地。
土壤耕作制度。東北地區以一年一熟為主，復種指數較低，同全國其他地方比較，土壤耕作有許多特點，并在不同時期的農業生產中發揮了重要作用。自新中國成立以來，代表性的技術有上世紀50年代的苗眼鎮壓方法、馬爾采夫耕作法、深耕等；60年代的粑茬、壟平作、原壟播種等；70年代的土壤耕作創新技術—深松耕作、免中耕等；80年代的覆蓋免耕、水田翻旋結合耕作、水田深松等；90年代至今的保護性耕作技術體系，其中有代表性的遼寧省的淺旋覆蓋、高留茬播種、深松覆蓋、免耕覆蓋等，吉林省的原壟留茬播種結合苗期深松少耕、壟向區田、寬窄行留高茬交替休閑種植、玉米留高茬行間直播、玉米留茬壟側播種、秸稈還田等；黑龍江省的少免耕、原壟卡種等。上述很多做法已經在生產上廣泛應用，推動了當地農業的發展。
施肥制度。肥料是農業生產的重要物質基礎，合理的施肥制度是一項重要的增產措施。東北地區的施肥制度主要經歷了三個階段：只施農肥、農肥化肥結合、有機無機配合施用的同時實施測土配方施肥。上世紀50年代主要以農肥培肥土壤，每畝平均施用化肥量還不到0.5kg。60年代以硫酸銨、硝酸銨為代表的化肥開始應用，之后由氮肥為主過渡到氮磷結合，尿素和磷肥開始廣泛應用。80年代，化肥向高含量方向發展，以尿素為主的氮肥和以磷酸二銨為主的復合肥成為主要代表，同時鋅肥、硼肥等微肥也得到應用。90年代至今，在有機無機配合施用的同時實行測土配方施肥。同時，部分地區還發展了“綠肥”，主要通過糧草（草木樨、沙打旺等）輪作，起到了一定程度的肥田作用。不同時期的施肥制度，為糧食增產、改善和提高土壤肥力起到了重要作用。