體系龐大、資金巨額，涉及部門和行業眾多……國家科技支撐計劃項目實施過程中由此存在人、財、物等諸多不確定性。近年來，重慶市科委對應用技術研究類的科技計劃項目監理機制創新進行了積極的探索和實踐，初步形成了科技部門管理與第三方監理相結合的科技計劃項目管理機制。
“長江上游地區地表水水源熱泵系統高效應用關鍵技術研究與示范”是國家“十一五”科技支撐計劃重點項目，由重慶市建設技術發展中心聯合重慶大學、中國建筑西南設計研究院等10余個單位共同承擔。自2007年開始實施。該項目的總投入為5811萬元，其中國家專項經費1843萬元，地方財政和企業配套資金3968萬元。
自立項開始，重慶市科委與市城鄉建設委員會就聯合參與到項目的組織實施，成立了項目管理領導小組。該小組下設管理辦公室，負責處理項目管理的日常工作，如檢查和監督項目執行的進度，督促其按期提供進度報告，以及組織對項目的中期評估、績效考評和課題驗收等。
另一方面，為了使項目過程管理真正做到制度化、規范化和專業化，防止主管部門過多的行政干預，重慶市科委又創造性地在項目實施中引入了第三方監理機制：一是聘請有關專家組成項目咨詢專家委員會；二是聘請專業財務咨詢公司為項目財務監理，對項目財務賬目的建立、經費使用等情況進行監督；三是聘請有實力的科研機構為項目技術監理，對項目進展情況進行檢查和督促。
根據項目實施的需要和監理中可能出現的問題，近年來，重慶市科委又推出了三項新制度，這些制度有效保證了第三方監理制度的施行，成為項目成功實施的強有力后盾。
這三項制度包括：首先，從“保障”入手建立項目監理經費支出制度。對市級科技攻關計劃項目，根據項目實施時限和監理工作量，從經費中單獨列出數額合理的費用作為監理機構的服務費和監理人員的勞務報酬，以及監理工作中必須的差旅、資料、會議費等。對科技部委托管理的國家科技支撐計劃項目，則由相關處室在工作經費中解決監理工作所需費用。
其次，是從“保護”出發建立項目監理誠信制度。包括科技管理部門和監理機構的雙重誠信。一方面，科技管理部門委托監理機構明確實行“外包托管”，讓監理機構對項目實現全程監控，以制度保證和支持監理服務的健康發展；另一方面，監理機構要承諾嚴格遵守科研保密制度和知識產權保護法律法規，讓項目承擔單位放心接受監理，潛心推動科技進步與創新。
第三，是從“保險”著眼建立監理違約責任追究制度。在簽訂委托監理合同書時，監理機構對己方責、權、利即充分明確。如果在監理過程中發生越權、失職、未盡職等違約行為，將嚴格按照《合同法》和監理合同約定條款，追究其違約責任，不僅要承擔法律責任，而且３年內不得參加科技計劃項目監理招標。
以往，重大科技項目管理存在“重兩頭，輕中間”的問題，重慶市創新管理模式解決了“過程管理”的忽略。
在重慶市超科實業發展有限公司，重慶市重大科技攻關項目之一的“廢舊輪胎翻修關鍵技術”項目的負責人余廣華工程師說，此前，由于財務人員的疏忽，項目實施過程第一階段出現了沒有按照項目預算專款專用、賬目設置不合理、經費使用票據不全或者虛假等問題，責令項目承擔方限期整改。
重慶市科技計劃項目財務監理機構之一的重慶金財會計師事務所，具有多年科技計劃項目監理經驗。事務所主任會計師陳紅梅說：“在多年科技項目經費監管中，我們發現很多問題，這些問題使得科技計劃項目的實施容易出現經費使用混亂的問題，進而影響項目的成敗，如果這些問題積攢到結題階段，對各方都損失巨大。”