日期為2002年10月的磁帶中，一個被認為來自扎瓦赫里的聲音說：“美國和它的代理人應該知道，他們的罪行一定會遭受懲罰……在真主阿拉的允許下，我們旨在繼續毀滅美國的經濟。”
據同時熟識兩人的組織成員講，扎瓦赫里對本·拉丹的影響非常之大：他幫助本·拉丹變得更加激進、暴力和反美。組織內部有成員稱他是“本·拉丹的大腦”，甚至認為他完全控制了本·拉丹。他成功在其周圍部署下受信任的伊斯蘭“圣戰”組織成員。而本·拉丹提供的財政支持，最多的一部分去了他和“圣戰”組織那兒。
本·拉丹生前很依賴扎瓦赫里的醫護治療。上世紀80年代，埃及電影制作人DERAZ獲準參觀穆斯林游擊隊在興都庫什山區的主要營地。在一次密集轟炸中，他和本·拉丹、扎瓦赫里等人“共處一洞”。
當時，本·拉丹的上臂伸直，扎瓦赫里正準備給他注射葡萄糖，可每次他準備插入針管就會有炸彈爆炸。有人說：“看到沒有?每次你拾起瓶子，我們都會被轟。”不一會兒，同樣的事情又發生了。扎瓦赫里就把輸液瓶扔出洞外。“我們全部笑了，甚至本·拉丹都在笑。”
扎瓦赫里也是基地組織的財產管理者。在資金緊張時，扎瓦赫里將成員薪水減半，還仔細審查他們上報的開支。“為什么你要花470美元買臺新的傳真機？舊的兩臺到哪里去了？你們獲得允許買臺新的了嗎？……停止一切開銷，除非萬不得已！”
敏感的年輕人
相比本·拉丹，扎瓦赫里顯得更為激進。他16歲便投身伊斯蘭“圣戰”，加入穆斯林兄弟會組織，并且因參與推翻埃及第二任總統納賽爾而被捕。
在安瓦爾·薩達特被選為埃及總統后，扎瓦赫里又致力于除掉他。1981年，他參與了對薩達特的刺殺行動，并因此在埃及一所監獄服刑三年。
1985年，扎瓦赫里離開埃及，去了巴基斯坦的白沙瓦。在那兒，他繼續外科醫生的職業，治療在阿富汗抵抗前蘇聯軍隊的“圣戰”戰士。也就是這個時候，他遇到了本·拉丹，兩人一拍即合。
在對抗前蘇聯的戰爭結束后，扎瓦赫里的親戚希望他能回到埃及，但他感覺回去會不安全，便來到了蘇丹，加盟了本·拉丹，并策劃了一系列恐怖活動。
外科醫生出身的扎瓦赫里，其家族有行醫傳統，46個家庭成員，有31個是醫生、化學家或藥劑師。其他人則是大使、法官或議會成員。扎瓦赫里的父親是開羅AINSHAMS大學的藥劑學教授，叔叔是埃及負有盛名的皮膚病學家。但扎瓦赫里家族的名聲，卻首先和宗教密切相關。
父親老扎瓦赫里的叔叔，是AL-AZHAR（埃及愛資哈爾大學）的大訇，AL-AZHAR是一所有千年歷史的大學，如今仍然是中東學習伊斯蘭教義的中心。老扎瓦赫里的父親和祖父，也是AL-AZHAR的學者。
扎瓦赫里的母親奧米瑪·阿薩姆同樣出身名門。她的父親是開羅大學校長，還當過埃及駐多個國家的大使。“從第一屆議會開始，超過一百五十年以前，政府就有AZZAMS家族的人。”奧米瑪的叔叔馬富茲·阿薩姆說，“我們總是處于反對派。”75歲的馬富茲在政治上仍然很活躍。他現在是宗教導向明顯的勞動黨副領袖。十五歲時，他也曾入獄。1945年，他因為參與刺殺總理阿罕默德·梅赫再次被捕。多年后，扎瓦赫里竟完全重復了這位叔公的軌跡。