據寬池法師回憶，有關領導稱他“理念不超前”，并稱“在興教寺下面建一個寺廟花不了多少錢”。根據該領導的構想，最終興教寺的面貌是“只留三個塔，周圍全部綠化”。
“對于興教寺這樣一個遠離城市的傳統寺院來說，拆除這么多建筑勢必影響僧人的宗教活動，是一種浪費。”興教寺方面在向南都記者提供的公文中如是說。
“為了環境更優美”
根據《西安市長安區絲綢之路申報世界文化遺產工作領導小組關于興教寺塔申遺工作任務安排的通知》，興教寺正面臨歷史上最大規模的拆遷。興教寺負責基礎設施建設的邢先生估算，如按照該方案進行，目前興教寺三分之二的建筑將要被拆除。
寺院西邊僧人生活區的興慈樓、僧寮、衛生間、浴室、三藏院回廊，建筑面積共4000余平方米，將全部被拆除。其中的興慈樓包含80多間房子。玄奘塔后三藏院的兩邊陪殿和垂花門都要拆除，只剩下大遍覺堂。大遍覺堂將被改為陳列室。但是大遍覺堂內供養的玄奘法師像及墻壁上玄奘生平的懸塑像要求全部搬走。
中院要拆除東西方丈、齋堂和灶房，以及聞慧堂。其中的齋堂由幾萬信眾捐資興建，最多可容納600人用膳。
東院要拆除禪堂。安放興教寺名僧常明法師靈骨的方丈樓要拆除?，F在法師居住的照心樓也要拆除。
院內的石材要求全部去掉，換成固化沙石。建筑拆除的地方進行綠化。玄奘塔旁邊的兩塊石碑，是2000年復制大慈恩寺的石碑，也要搬走。
大殿前的兩塊石碑，是原來國民黨要員捐資興建興教寺的功德碑。“文革”時期，碑被破“四舊”者砸為幾截。當時的寺廟住持常明法師偷偷將斷碑掩埋起來，后來又拿出來重新安放。這兩塊碑也被要求挪走。
根據政府規劃，入寺道路將設置為人行道，安裝禁止車輛通行的設施，道路改造為固化沙石路。此外將建設入寺坡道欄桿及鐵鏈，整修寺外墻體。寺院入口處、寺內的紅磚及瀝青地面等要按方案整治。
而寺廟拆遷的過渡經費，由長安區負責。興教寺僧人日后將搬到該寺的下方一所新修的廟。這座規劃中的廟將作為興教寺的下院，目前所在地為兩個村莊。村莊也被要求全部搬遷，其中涉及東江坡村18戶人家，西韋村28戶人家。
“廟里對這次申遺是支持的，但希望盡量不要動廟里的建筑格局。該廟原來是因地制宜發展的，各項功能完善，要求能不拆盡量不拆。”興教寺官方對南都記者稱。
西安市長安區民族宗教局局長張寧告訴南都記者，“興教寺拆掉部分建筑是為了環境更優美。具體規劃還沒有完全定下來，正在等國家專家組認定。興教寺要發展，對僧人工作和生活的階段性影響有，但不是很嚴重。”