02年8月6日國際米蘭從AC米手中成功搶走另一位意大利國腳卡納瓦羅，從而正式放棄內斯塔。
2002年8月網羅卡納瓦羅失敗的AC米蘭目標轉移到內斯塔身上，加利亞里飛抵羅馬同克拉尼奧蒂展開會談，雙方就價錢問題產生分歧。AC米蘭宣布不再購買后衛。
同時，傳聞莫吉也就同樣問題飛抵羅馬進行談判，可遭拉齊奧拒絕兩場談判過后，拉齊奧宣布內斯塔的轉會市場關閉。
2002年8月曼聯及瓦倫西亞催債上門，拉齊奧再次陷入財政危機。
2002年8月特雷澤蓋傷情告急，尤文把轉會重心轉移到前鋒去。
02年8月26日AC米蘭重召老將科斯塔庫塔以緩解后防危機。
02年8月28日AC米蘭打入冠軍杯32強。
02年8月30日尤文圖斯成功羅致帕爾瑪射手迪瓦約。
02年8月30日轉會市場關閉前一天，加利亞尼同克氏父子展開最后會談。
31日8：30amAC米蘭官方網站正式宣布已經簽下了內斯塔。
31日3：30pm拉齊奧官方網站確認內斯塔已經轉會AC米蘭。
應正了一句話“來得早不如來得巧”，假如AC米蘭去夏天求購內斯塔，無論開價再高，也只能吃閉門羹；假如6月份去談判，也只能和尤文，國際作無謂的競價。AC米蘭恰恰好就是在意甲陷入危機的一年，曼聯同瓦倫向拉齊奧討債的一個月，國際網羅卡納瓦羅之后，尤文轉移轉會目標的同時成功地簽下了內斯塔。可以說AC米蘭是在最恰當的時機，用最劃算的價錢，簽下了最炙手可熱的后衛,打了一場最漂亮的轉會仗。
內斯塔在轉會到AC米蘭之后，與米蘭的老隊長馬爾蒂尼組成了當時世界上最強的中衛組合，也彌補了老將科斯塔庫塔轉身慢的不足，內斯塔的到來使米蘭后防線的實力大大提高，使得米蘭奪得了02-03賽季的歐洲冠軍聯賽。
在接下來的03-04賽季當中，米蘭又奪得了聯賽冠軍，但是內斯塔又受重傷，好在老將科斯塔庫塔挺身而出，填補了內斯塔留下的空缺。同時在聯賽的收官階段，內斯塔及時的復出幫助米蘭守住了優勢。
04-05賽季，AC米蘭為了增強自己的實力，又買了荷蘭中后衛斯塔姆，這樣內斯塔與斯塔姆、馬爾蒂尼、卡福組成了當時歐洲為強大的后防線，但是，這個賽季內斯塔卻陷入了低谷，屢屢出現莫名其妙的低級失誤，在最后的歐冠決賽中，AC米蘭被利物浦驚天大逆轉，這個賽季成為了一個四大皆空的賽季。
之后，內斯塔一直被傷病所困擾，但是健康狀態下的內斯塔還是給米蘭帶來了不小的幫助，07年正是內斯塔及時的復出，幫助AC米蘭復仇利物浦，重新獲得歐洲冠軍聯賽的桂冠，內斯塔在比賽中成功的凍結了杰拉德是米蘭獲勝的關鍵之一。
在經歷了又一次重傷之后，內斯塔終于在09年的夏天重返賽場，不知道這一次昔日的“世界第一中后衛”能否恢復到原來的水平。隨著老隊長馬爾蒂尼的退役，內斯塔必然要接過馬爾蒂尼手中的旗幟。
隨著賽季的深入，從傷病中恢復過來的內斯塔雖然33歲了但是狀態依然，他與蒂亞戈.席爾瓦的中衛搭檔表現非常出色，讓米蘭球門得到很好的保護。北京時間2009年10月26日3時45分(意大利當地時間24日20時45分)，意甲第9輪開始最后1場角逐，AC米蘭客場2比1逆轉切沃，積分追平第4位的巴勒莫。終場前不久，替補前鋒博列洛頭球擊中橫梁，內斯塔補射扳平，這是他2007年9月以來首粒進球。補時第2分鐘，內斯塔頭球梅開二度，在17年職業生涯中首次單場比賽獨中兩元，也幫助米蘭在聯賽與冠軍杯中連續3場逆轉取勝。現在已經是冬歇期了，半個賽季來他的防守數據非常出。。
又是傷病!噩耗！2010年3月14日凌晨，AC米蘭官方網站出臺了一份聲明，聲明披露了內斯塔、博內拉二人的傷情。其中，內斯塔將在3月15日做手術，本賽季內是不可能復出了。米蘭官方網站的聲明如下：“內斯塔將在周一，也就是3月15日做手術。手術將會由馬里亞尼專家主持。"