李培英案的“突破口”是從中國華聞投資控股有限公司常務副總王政那里打開的。審計時發現，首都機場有一筆巨額資金在王政那里，賬面顯示是15億元，是首都機場委托王政理財，后轉化為公司間的債權債務關系。在繼續追查這15億元的資金來源時，審計人員發現其中9億元是從首都機場的賬戶上轉過去的，6億元是從中國民族國際信托投資公司轉去的。而銀行賬戶顯示，中國民族國際信托投資公司只通過銀行轉賬3.38億元，另外2.62億元來源不明。
經進一步審查，2.62億元的來龍去脈很快就清楚了。原來，首都機場在委托中國民族國際信托投資公司理財時，投入了6億元資金，但股市風云變幻，最后只剩下3.38億元。后首都機場終止了與中國民族國際信托投資公司的理財協議，轉而委托由王政控制的北京廣聯經濟開發有限公司理財，并要求北京廣聯經濟開發有限公司承擔2.62億元的虧損。另外首都機場再給北京廣聯經濟開發有限公司9億元理財資金，這樣李培英就與王政簽署了15億元的委托理財協議。而這2.62億元的虧空，被北京廣聯經濟開發有限公司以融資成本的方式予以平賬。
問題出在2.62億元的虧損當中。這個虧損是以“打包”方式出現的，就是中國民族國際信托投資公司給首都機場理財時，共計出現了2.62億元的虧損，在細查每一筆虧損時，其中有8250萬元是被李培英分三次轉走的，并不是理財虧損。
李培英從6億元的委托理財資金中轉出的8250萬元，被濟南中院認定為貪污。
對這8250萬元資金，李培英作了如實供述。偵查機關認為，李培英能夠如實供認犯罪事實，認罪態度較好。據此，濟南中院一審以貪污罪判處李培英死緩。其死刑源于受賄罪。
積極退繳贓款
偵查機關認為，在受賄問題上，李培英主動交代了大部分犯罪事實。因為有關機關在對李培英采取相關措施前，雖然掌握了其主要貪污犯罪事實，但對受賄犯罪只掌握了一部分，大部分受賄犯罪事實是其主動交代的。
李培英的受賄犯罪集中在1995年1月至2003年11月。當時首都機場“錢太多了”，便成立了一個投資公司，目的是讓“錢生錢”。偵查機關認定，李培英先后11次收受陳小平、麥炳輝、胡和建、覃輝、蔡漢德、王政等7人財物共計2661.44萬元。
1994年7月，深圳市經濟協作發展公司總經理陳小平急需2000萬元資金，找到李培英幫忙。李培英安排首都機場財務處以“以存定貸”的方式，將首都機場的公款2000萬元借給陳小平，期限一年。到期后，陳小平除歸還本金外，還給首都機場利息63萬元，貸款服務費用192萬元，合計255萬元。其中的192萬元進入了機場小金庫。為此，李培英于1995年1月在深圳晶都酒店收受陳小平30萬元。
2000年9月，北京嘉利恒德房地產開發有限公司董事長胡和建，從首都國際機場拆借資金6000萬元用于房地產開發。2003年3月，胡和建通過香港匯豐銀行個人賬戶，匯給在美國讀書的李培英的兒子李慶10萬美元。
2002年6月至2003年9月，李培英接受卓京投資控股有限公司董事長覃輝的請托，先后4次安排首都機場為其拆借了資金6.3億元。為表示感謝，2002年7月，覃輝匯給李培英在美國的兒子李慶100萬美元。2002年4月及2003年11月，李培英先后兩次向覃輝索要1040萬元，其中的1000萬元轉往香港用于償還賭債。
覃輝累計向李培英行賄1867.68萬元，占到李培英受賄總金額的70%。覃輝被坊間稱為“隱身富豪”，一度成為媒體關注的焦點人物。他出身于四川達縣一個普通家庭，中等身材，相貌英俊。覃輝最主要的發跡場所和顯赫的生意來自娛樂業——北京著名的“天上人間”夜總會，并借這一交際場，結交了大量高端人士。在2005年建設銀行原董事長張恩照案中，覃輝就是行賄人之一，并被檢察機關逮捕，后取保候審。經北京市一中院認定，2002年至2005年間，張恩照先后6次收受覃輝給予的賄賂款，總計6萬美元、20萬港元、10萬元人民幣。為此，張恩照給覃輝提供了6億元貸款幫助。