“11·15”案件發生后，薄谷開來擔心案情暴露，采取了毀證等一系列行動，王立軍對薄谷開來不斷折騰、知情面不斷擴大產生不滿。
2011年12月14日，薄谷開來專門設宴，請參與“11·15”案件辦理、替自己掩蓋殺人行為的李陽、王鵬飛、王智等人吃飯。
王立軍在供述中稱，第二天，郭維國帶著王智和王鵬飛來到北京，我當著郭維國的面把王智和王鵬飛罵了一頓。我認為應該是我罵他們的話傳回了重慶。從去年12月14日以后，薄谷開來就跟我變臉了，接觸的時候就不一樣了，沒有以前熱情了，開始對我防備。
2011年12月底，王立軍身邊4名工作人員被非法審查。王立軍和薄谷開來的矛盾越來越大。
相關證人證言顯示，2012年1月28日，王立軍向當時的重慶市委主要負責人反映薄谷開來在“11·15”案件中有重大作案嫌疑，29日上午受到其怒斥，并被打了耳光。當時在場的郭維國在訊問筆錄中稱：“打了王立軍，這個矛盾就公開化了。”
矛盾激化后，王立軍當日即安排李陽等人重新調取證人證言，妥善保管關鍵物證，重新整理薄谷開來涉嫌故意殺害尼爾·伍德的證據材料，并提供了其秘密錄音資料。后又將整理的卷宗交由李陽等人轉移、保管。
王智在訊問筆錄中稱，1月29日，王立軍把我和王鵬飛、李陽喊到他辦公室，讓我們把“11·15”案件重新整理卷宗。我們花了好幾天時間制作了卷宗。王立軍讓我、王鵬飛和李陽分開保管，要放在安全的地方。
王智還說，我知道王立軍當時和薄谷開來“翻臉”了，不然王立軍也不會讓我們整理這些卷宗。
私自出走
感到處境危險產生叛逃想法
2012年2月2日，王立軍的重慶市副市長工作分工被調整，不再兼任重慶市公安局局長職務。2月初，王立軍身邊另外3名工作人員又被非法審查。王立軍感到自身處境危險，遂產生叛逃的想法。
2月6日，王立軍以洽談工作為由，借故取消原定公務安排，于當日14時31分私自進入美國駐成都總領事館。
起訴書顯示，在美領館內，王立軍與美領館官員就環境保護、教育、科技等事項作了短暫交談后，即稱因查辦案件人身安全受到威脅，請求美方提供庇護，并書寫了政治避難申請。
經重慶市和中央有關部門勸導，王立軍于2月7日23時35分自動離開美領館，愿意接受調查。
涉嫌受賄
直系親屬收受徐明出資的兩套房
王立軍案偵查過程中，有關方面陸續接到對其涉嫌濫用職權、受賄的反映和檢舉，偵查機關高度重視，經依法調查取證，掌握了相關證據。
起訴書顯示，2010年以來，王立軍身為重慶市公安局局長，違反國家有關法律規定，未經批準或者偽造批準手續，先后對多人使用技術偵察措施，嚴重破壞了社會主義法制，侵犯了公民的合法權益。
記者在庭審現場了解到王立軍涉嫌受賄的主要事實：2009年4月，王立軍在擔任重慶市公安局局長期間，其一直系親屬調北京某部門工作，因為沒有房子，收受大連實德集團有限公司董事長徐明出資人民幣285萬余元在北京購置的兩套住房，并以其岳父名義辦理了購房手續。事后，王立軍當面向徐明表達了感謝。同年7月，王立軍接受徐明的請托，指令重慶辦案部門將已羈押的潘某、王某、張某予以釋放。
2008年9月、2009年11月，王立軍在擔任重慶市公安局常務副局長、局長期間，大連世源貿易有限公司法定代表人于俊世先后兩次為其支付在重慶租住的別墅租金共計20萬元。2009年10月，王立軍接受于俊世請托，指令重慶辦案部門將已羈押的楊某某予以釋放。 (新華社)