很長一段時間，浙江大學紫金港校區農生環大樓335房間的大門緊閉著，那個熟悉的身影師生們已很久沒有見到。
門牌上標示著辦公室的主人為“陳英旭教授”，門上留下的手機號碼記者始終無法撥通。
“陳英旭出事了！”這一消息早就在網絡上傳播，卻一度未獲權威部門證實。2012年11月12日，政協第十一屆全國委員會常務委員會第十九次會議撤銷了陳英旭第十一屆全國政協委員資格，這是2012年第二位被撤銷資格的全國政協委員，但對于他因何種原因被撤，會議未作說明。
記者當時從一名全國政協常委處獲知，當時會議上只介紹了陳英旭是經濟犯罪，“在一個有關水處理的項目上涉嫌貪污了，因說明已法辦，所以一致同意撤銷委員資格，亦無人提問”。
中國青年報記者獲得的獨家消息顯示，2012年6月28日，浙江大學水環境研究院院長陳英旭已被西湖區人民檢察院刑事拘留，7月12日被依法逮捕。陳英旭的代理律師戴夢華稱，此次事發，是例行審計到浙江大學時，陳英旭自覺經費使用存在問題，將違規的款項退回，之后被立案偵查。
2013年3月19日，杭州市中級人民法院開庭審理了陳英旭涉嫌貪污案，杭州市人民檢察院指控：陳英旭授意其博士生陸續以開具虛假發票、編造虛假合同、編制虛假賬目等手段，將1022.6646萬元專項科研經費套取或者變現非法占為己有。
知情人士稱，如果這一指控被法院認定，此案可能創造了貪污科研經費的新記錄。
檢方指控通過設立公司非法占有千萬科研經費
資料顯示，陳英旭教授是中國水環境治理領域的知名專家，享受國務院特殊津貼。案發前，他擔任浙江大學環境與資源學院常務副院長、水環境研究院院長。
陳英旭還是中國民主促進會中央委員、浙江省副主任委員，擔任過三屆全國政協委員。
檢方的起訴書顯示，陳英旭的出事，源于他2008年正式接手的“太湖流域苕溪面源污染河流綜合整治技術集成與示范工程”(以下簡稱“苕溪課題”)。
“苕溪課題”隸屬于迄今為止我國資金投入總量最大的環境科研項目“水體污染控制與治理科技重大專項”(以下簡稱“水專項”)，作為國內水污染領域專家的陳英旭拿下的“苕溪課題”是水專項“十一五”課題中的“太湖富營養化控制與治理技術及示范工程”。
2008年8月30日，國家水專項辦公室組織水專項專家組對陳英旭教授主持的“太湖流域苕溪農業面源污染河流綜合整治技術集成與示范工程”項目課題進行了論證。由原中國科學院副院長孫鴻烈院士為組長，中國工程院劉鴻亮院士、蔡道基院士、水專項總體專家組技術總師孟偉研究員、河流主題組長王子健研究員等二十多位技術、管理、財務方面專家組成的論證委員會，一致同意該項目通過論證，并要求盡快實施。
“苕溪課題”總經費高達3.135億元，其中國家撥付經費1.0544億元。
該項目針對苕溪突出的農業面源污染問題，開展河流農業面源污染控制與管理技術及集成示范研究，設置了現代效益農業清潔生產關鍵技術及集成示范等研究任務，擬在苕溪上中下游和苕溪入湖河段，開展畜禽水產養殖業循環經濟關鍵技術與區域污染控制示范、苕溪上游健康水生態系統構建等技術集成及工程示范。通過項目的實施將建立以河流目標負荷量動態控制為核心、農業面源污染削減為重點的河流污染控制技術與水環境綜合管理技術平臺，為完成我國太湖流域水環境綜合治理，實施“清水入湖工程”提供科學支撐。
陳英旭所在的浙江大學在這一輪的水專項課題申報中斬獲頗豐。其中，他本人以及浙大張土喬教授分別是河流主題和飲用水主題的專家組成員。此外，根據浙大新聞辦2009年的信息，浙江大學總共拿下了9個課題，是全國高校獲得“水專項”國撥經費最多的牽頭單位之一。