據中國之聲《央廣夜新聞》報道，近日，有關網頁瀏覽器侵犯用戶隱私的爭議再起：10月9日，方舟子在微博上呼吁司馬南卸載360安全瀏覽器，稱其“不安全”。方舟子連發數條微博，表示360瀏覽器侵犯用戶隱私，竊取用戶數據，并稱360免費殺毒是偽命題。
今天（11日），360公司對此做出了措詞激烈的回應。
9日下午，方舟子在搜狐微博上表示："360瀏覽器已被媒體揭露一點都不安全，像司馬這樣的敏感人物尤其要注意上網安全。"對此，司馬南回應稱："聽聞此言，立馬修正。上網需要私密、安全、清凈。"此后，方舟子連發微博，句句針對360的安全問題。
方舟子在微博上總結了360侵犯用戶隱私有三個層面；360偷窺用戶隱私（包括用戶名、密碼、訪問記錄、內網數據等）；360上傳用戶隱私到自家服務器；360的服務器沒有安全防范措施，導致搜索引擎、以及任何普通用戶，都可以通過公開合法的方式獲得用戶隱私數據。
11日，360發出措詞強硬的聲明，回應方舟子質疑，聲明中稱：百度摸黑360安全瀏覽器、遏制360搜索，必是徒勞無益。有網友爆料稱方舟子被百度以金錢收買和利用，以所謂“打架斗士”的身份和司馬南一唱一和，頻頻出惡語攻擊360瀏覽器。而奇虎360董事長周鴻祎也在個人微博上稱，這是360搜索引擎競爭對手之一的百度在摸黑360瀏覽器，試圖遏制360搜索的發展。截至目前，周鴻祎本人的電話一直未能接通。
方舟子稱，360在發布聲明前，多次試圖與自己接觸，但都被他拒絕了。
方舟子：很蹊蹺，我前天質疑360以后，360馬上就來公關，通過各種關系跟我私下溝通。這涉及到360用戶的利益，但我不是360用戶，你（360）跟我私下溝通沒有任何意義。因此，我拒絕了。作為上市公司，你（360）應該做出公開的、合理的回應。360一開始想私了，被我拒絕以后，沉默了一天，今天突然發聲明造謠說我被百度收買。
9日下午，方舟子在搜狐微博上表示："360瀏覽器已被媒體揭露一點都不安全，像司馬這樣的敏感人物尤其要注意上網安全。"對此，司馬南回應稱："聽聞此言，立馬修正。上網需要私密、安全、清凈。"此后，方舟子連發微博，句句針對360的安全問題,稱360偷窺用戶隱私,360上傳用戶隱私到自家服務器；360的服務器沒有安全防范措施，導致搜索引擎、以及任何普通用戶，都可以通過公開合法的方式獲得用戶隱私數據。
11日中午，360發布官方聲明，激烈回應方舟子的質疑。聲明稱：8月16號360搜索（so）推出，短時間內即獲得了10%市場份額，成為國內第二大搜索引擎。顯然，這觸動了百度的奶酪。近兩個月來，百度花費巨額資金，動員其員工、公關公司和代理商，操控媒體資源，對360大肆詆毀抹黑，并通過人工干預搜索結果，推動大量關于360的假新聞傳播。不僅如此，百度還將涉及360的負面新聞放置在百度新聞網站的顯著位置。近日，又有網友爆料稱方舟子被百度以金錢收買和利用，以所謂“打假斗士”的身份，和司馬南一唱一和，頻頻出言惡語攻擊360安全瀏覽器，充當打擊360的馬前卒。對于百度公司對360搜索的瘋狂打壓，360搜索團隊和360安全瀏覽器團隊表示強烈抗議。
11日下午，方舟子在接受訪談時詳細解讀質疑360安全瀏覽器一事，稱360一直都沒有正面否認采集用戶隱私數據，因此才希望用戶提高警惕。而針對360指出的方舟子被百度收買一事，方舟子表示否認，稱這是對個人名譽的嚴重損害，將用法律手段維權。
他表示“作為一家上市大公司，360毫無根據地用所謂"網友曝料"攻擊、誹謗批評者被人收買，是很不正當的做法。這是對我名譽的嚴重損害，我只能起訴它，沒有別的選擇。”