反對一回就算了，可孔融回回都反對，這就讓曹操極度惱火，記恨在心。
建安十三年，公元208年，秋七月，曹操要發兵南攻荊州劉備。他知道孔融和劉備的關系一向親密。這家伙平時就一貫唱反調，關鍵時難保他不會下爛藥。于是曹操決定，干掉孔融。但孔融是一個名士，不能說殺就殺，一方面，曹操可不想背負濫殺無辜的罪名；另一方面，如滿寵所言，要服眾，不要失去民心。
那么，妥當的方式就是謀殺。
謀殺的要領在于周密、嚴謹的部署和策劃。曹操精細盤算，認為給孔融羅織罪名最為妥當。這罪名還不能是一個，要多個。
于是，謀殺行動分為這兩個步驟。
第一步:這年的8月24日，曹操派光祿勛山陽人郗慮出任御史大夫。為什么要讓郗慮做御史大夫呢？因為曹操很清楚，此人素與孔融不合。
第二步:郗慮一上任，曹操就馬上指使他搜羅孔融的過錯。郗慮既樂意又賣力，搞別人興致差點，搞孔融他來勁了啊！
很快，郗慮就搜羅到給孔融定罪的證據——孔融曾經揚言“有天下者，何必卯金刀”。卯金刀就是繁體的“劉”字。這就是謀反的論調。而且，從前孔融在北海的時候，看到王室不安寧，召集徒眾，要想圖謀不軌，后來和孫權的使臣談話時，又毀謗朝廷。
要說這罪名夠大了。可曹操認為，僅此一項罪名還不夠猛，命郗慮繼續秘密調查搜羅。
于是，郗慮又收集到孔融兩大不孝的言論。
一個是不尊重先哲。孔融曾和禰衡互相吹噓，禰衡贊孔融，說你是“仲尼不死”；孔融則回贊禰衡，說你是“顏回復生”。倆哥們兒臉皮確實夠厚的。
另一個是不尊孝道，鬧饑荒的時候，孔融對別人說，“如果父親不好，寧肯把東西讓給別人吃，讓父親餓死”；對于母親，孔融認為，母親和兒子沒有什么愛，就像一件東西暫時寄放在瓦罐里，倒出來后雙方就毫無關系了。
得，兩大罪名，不忠不孝。一個鼻孔流血，只是火旺，兩個鼻孔一起流血，你死定了。實際上，一條謀反言論就足以干掉孔融了。為什么曹操偏偏要兩項罪名呢？
這就是曹操的高明之處。
其一，漢朝是主張以孝道治理天下的。曹操的精明和奸詐就在于，以不孝為罪名強加于孔融，不僅殺了心頭之患，而且表明自己遵循孝道，維護漢室。無論從政治角度，還是籠絡人心的角度，都讓自己獲得利益，可謂是一箭雙雕。
其二，以不孝定孔融的罪，可以充分掩蓋謀殺動機。在不孝的后面，再加上一條謀反的“副罪”，孔融便更加罪有應得了。
其三，將不孝罪放在謀反罪前面，作為“主罪”，也顯示自己的大度，你孔融通敵劉備，也可以不殺你，你也可以去投奔他，我曹操愛才，決不濫殺人才。但你不孝，就必須處死。屬于“揮淚斬”。
其四，以言論治罪，也給恃才傲物或者沽名釣譽者一個警示，不許妄自尊大，不許講怪話——講怪話、諷刺、挖苦絕不是活躍政治空氣，而是作亂。在專制的政權里，你們應該是沉默的大多數，沒有人權，更沒有話語權。
其五，這兩大罪名，可證明孔融人品有問題。肉體殺掉，還消滅你的名譽，讓你永世不得翻身，讓陳壽寫《三國志》也不敢給你立傳。這就叫踩死你，還踏上一萬腳。
因此，曹操在布告上寫道:融違反天道，敗倫亂禮，雖肆市朝，猶恨其晚。
這個沒打紅鉤的布告，充分表達出曹操的憤怒——“猶恨其晚”，殺你還殺晚了。
于是，此時已是太中大夫的孔融被處以死刑，不是祭旗，而是在街市上行刑，連同孔融的妻兒一起誅殺。