對于市場調節價的藥品，國家發改委天花板一樣高的零售指導價格也很難有直接的威力。前述東部某省物價局人士解釋，發改委的零售指導價肯定要高于所有地方的實際價格，這么做一是為了給原研藥、優質藥以政策傾斜，二是因為國家指導價必須考慮全國的情況，在有些交通不便的偏遠地區，藥品要從省城配送過去成本非常高，在確定零售價的時候也要為流通企業預留利潤空間。
更重要的是，由于目前各類藥品的集中采購都在省級平臺上進行，國家發改委在制訂零售指導價時并沒有基礎數據，而必須依賴省級部門上報中標價格，或者是直接向生產企業征詢生產成本。這就為省級層面抬高藥價創造了有利條件。
上述定價利益鏈條幾乎成為業內公開的秘密，即生產企業虛報成本抬高定價，成為省級限價的基礎，進而成為國家層面指導價格的參考依據。
針對上述問題，國家層面正在擬定新的政策。隨著基本藥物制度的不斷鋪開，與之相配套的《醫療機構藥品集中采購工作規范》正在緊鑼密鼓起草之中。前一陣“天價蘆筍片”等事件曝光后，國家發改委立即著手制訂《藥品價格管理辦法》，試圖理順藥品的定價和執行監管。
業內普遍認為，由于定價環節中碎片化的制度造成了巨大的尋租空間，集中采購環節中“二次議價”等違規操作屢禁不止，且不論上述文件的科學合理性如何，即使出臺也只是治標而非治本之策。