短短的時間內遭遇了兄亡子傷，秦良玉悲痛欲絕、肝腸寸斷，于是上書皇帝，陳述了自家軍隊作戰及傷亡情況，明嘉宗深為感動，下詔賜予秦良玉二品官服，并封為誥命夫人，任命其子馬祥麟為指揮吏，追封秦邦屏為都督僉事，授秦民屏都司僉事之職，還重賞了白桿兵眾將士。
山海關戰事暫時平息了，于是秦良玉率部返回石柱。返回之時，正趕上永寧宣撫使奢崇明起兵叛亂，奢崇明的黨羽樊龍占據了重慶，聽說秦良玉帶兵回到了石柱，馬上派人攜金銀厚禮去與她聯絡，想請她共同舉兵；秦良玉大怒，當即斬了來使，火速發兵，溯江西上趕到重慶，出其不意地打敗了樊龍的部隊，攻占了重慶。緊接著，她又率兵直赴成都，徹底擊毀了叛軍勢力。朝廷聞報后，授秦良玉為都督僉事，并任命她為石柱總兵官。
當解除了成都之圍、秦良玉率領白桿兵騎馬進城時，成都的市民紛紛涌上街頭，扶老攜幼，爭睹女將軍的風采。這時秦良玉已是五十開外，幾十年的戎馬生涯，不但沒催她衰老，反而把她磨煉得愈加英姿颯爽。成都民眾將她視為神明，紛紛在她走過的路上焚香跪拜，表達了對這位女救星的無限崇敬之情。
數年之后，貴州水西一帶再起事端，有一個叫安邦彥的匪首，在這里自立為羅甸王，招兵買馬，很快占據了貴陽以西的千里之地。朝廷又詔命秦良玉率白桿軍入黔平亂，秦良玉雷厲風行，很快就消滅了安邦彥集團，但在這場戰爭中，秦良玉的弟弟秦民屏戰死了，秦良玉再一次遭受了痛失親人的打擊。
明天啟七年，明熹宗駕崩，熹宗之弟朱由檢繼承皇位，史稱明思宗，即崇禎皇帝。此時的后金，已經改國號為清。清兵趁朝廷改帝之機，由蒙古人作向導，從龍井關越過長城，直奔通州，京師形勢十分急迫。明朝廷再次詔天下諸軍鎮邊勤王。秦良玉接旨后，帶領她的白桿兵，日夜兼程趕往京師，并拿出自己的全部家產作為軍餉，以補朝廷因連年應戰而造成的軍需不足。
狹路相逢勇者勝。秦良玉的白桿兵與清兵在京師外圍相遇，還沒來得及安營扎寨，就開始了全面進攻。年已55歲的秦良玉，手舞白桿長矛，鋒刃所過之處，清兵一敗涂地。所有白桿兵將士，無不以一當十，打得清兵望風披靡落荒而逃。很快，秦良玉接連收復了濼州、永平，解救了京城之圍。
北京圍解之后，崇禎皇帝大加感慨，特意在北京平臺召見秦良玉，優詔褒美，賞賜彩幣羊酒，并誥封一品夫人，加封少保、掛鎮東將軍印。并賦詩四首以彰其功:
其一:學就西川八陣圖，鴛鴦袖里握兵符。由來巾幗甘心受，何必將軍是丈夫。
其二:蜀錦征袍自裁成，桃花馬上請長纓。世間多少奇男子，誰肯沙場萬里行！
其三:露宿風餐誓不辭，飲將鮮血代胭脂。凱歌馬上清平曲，不是昭君出塞時。
其四:憑將箕帚掃胡虜，一派歡聲動地呼。試看他年麟閣上，丹青先畫美人圖。
崇禎皇帝有生之年，享國日淺，遭逢多難，很少有閑情逸致吟詩作賦，除贈秦良玉詩外，僅有贈楊嗣昌的五絕傳世。如此之殊榮，足可見秦良玉之豐功偉績。
史載秦良玉率部進京后，“馭軍嚴，秋毫無犯”，“都人聞白桿兵至，聚觀者如堵，馬不能前。”如今北京宣武門一帶的四川營胡同，就是她北上勤王屯兵遺址（門上刻“蜀女界偉人秦少保駐兵遺址”十二大字）。
秦良玉不僅擅長帶兵打仗，而且十分注重軍需的生產。如今北京四川營胡同附近，還有十幾條“棉花胡同”，稱頭條、上二條、下二條等。這也與秦良玉有關。她在北京駐扎期間，曾令部下與女眷紡棉織布，故而附近的一些胡同就被后人呼之為“棉花胡同”。清代曾有人寫《四川營吊秦良玉駐兵遺址》一詩詠道:“金印夙傳三世將，繡旗爭認四川營。至今秋雨秋風夜，隱約鉦聲雜紡聲。”